Династия Бабенбергов угасла в 1246, когда герцог Фридрих II погиб в битве с венграми, не оставив наследников. Началась борьба за Австрию – важную в экономическом и стратегическом отношении территорию.

После прекращения династии Бабенбергов (1246) большая часть австрийской территории перешла во владение чешского короля Пржемысла II, но в 1276-78 была захвачена германским королём Рудольфом I Габсбургом, передавшим в 1282 Австрию и Штирию своим сыновьям Альбрехту и Рудольфу.

Этим было положено начало многовековому (до 1918) господству Габсбургов в Австрии. С самого начала Габсбурги считали свои земли частным владением. Несмотря на борьбу за корону Священной Римской империи и семейные раздоры, герцоги из дома Габсбургов продолжали расширять границы своих владений. В 1335 к Габсбургам перешла Каринтия, в 1363 - Тироль, в 1375 - бoльшая часть территории Форарльберга, в 1382 - Триест.

Герцог Рудольф IV (Основатель, правил в 1358–1365) строил планы присоединения к своим владениям королевства Чехии и Венгрии и мечтал добиться полной независимости от Священной Римской империи. Желая объединить все земли под одним флагом, ввел изображение пяти орлов, в подражание символике римских императоров. Рудольф основал Венский университет (1365), финансировал расширение собора св. Стефана и поддерживал торговлю и ремесла. Он скончался скоропостижно, так и не реализовав своих честолюбивых планов. При Рудольфе IV Габсбурги стали носить титул эрцгерцогов (1359).

В конце 13 - начале 14 вв. в австрийских землях юридически оформился сословный строй, в конце 14-15 вв. складывается сословная монархия с ландтагами по отдельным землям. Однако до конца 15 в. государство Габсбургов оставалось конгломератом земель, связанных между собой главным образом династическими узами и распадавшихся на уделы различных линий габсбургского дома.

В 1452 Фридрих V (1415–1493) был коронован как император Священной Римской империи под именем Фридриха III. В 1453 он стал австрийским эрцгерцогом, и с этого времени вплоть до формальной ликвидации Священной Римской империи в 1806 (не считая короткого промежутка времени в 18 в.) Габсбурги сохраняли императорскую корону. Несмотря на бесконечные войны, а также мятежи дворян и жителей Вены, Фридриху III удалось расширить свои владения, присоединив часть Истрии и порт Риеку (1471). Фридрих верил в то, что династии Габсбургов суждено завоевать весь мир. Его девизом стала формула «AEIOU». Эту аббревиатуру он надписывал на книгах и повелел высекать на общественных зданиях (церковь св.Рупрехта в Вене, замок в Винер Нойердтадте). Современники и последующие поколения по-разному трактовали этот девиз. Alles Erdreich ist Osterreich untertan - Вся земля подчинена Австрии (нем.). Austria erit in orbe ultima - Австрия будет вечно (лат.). Очевидно, вокальный ряд является магическим выражением веры императора и прежде всего его веру в миссию австрийского дома.

Фридрих женил своего сына и наследника Максимилиана (1459–1519) на Марии Бургундской. В качестве приданого Габсбургам достались Нидерланды и земли на территории нынешней Франции. В этот период началось соперничество австрийских Габсбургов с французским королевством, которое продолжалось вплоть до 18 в.